כריית הפוספטים בישראל מתבצעת על פי פקודת המכרות הקובעת את התמלוגים למדינה באחוזים מערך המחצב שנכרה. עד שנת 1997, שולם תמלוג של 2.5 סנט לטון פוספט גולמי. לאחר שתחום המכרות עבר לאחריות משרד התשתיות הלאומיות, סבר המפקח על המכרות במשרד כי גובה התמלוג המשולם בפועל הינו נמוך, והחלה בדיקה יסודית של שיעור התמלוגים.
בעקבות הבדיקה ובסיום הליך הגישור בין המדינה לחברה הכורה את הפוספטים, הליך שבו היה שותף גם משרד האוצר, נחתם בשנת 2009 הסכם בו שונתה שיטת החישוב ונקבעה נוסחה לקביעת ערך הפוספט לצורך חישוב התמלוג על פי פקודת המכרות. מדובר בנוסחה מורכבת המבוססת על מחיר סלע פוספט בניכוי ההוצאות המוכרות לייצורו.
במסגרת הליך הגישור נקבע כי אחת לחמש שנים, החל משנת 2000, יחושב הערך הבסיסי לטון פוספט גולמי לצורך התמלוג. כך נבדקו ונקבעו התמלוגים של 10 השנים שחלפו בשתי תחנות בדיקה, כאשר שנת 1999 מהווה את תחנת הבדיקה הראשונה ושנת 2004 מהווה את תחנת הבדיקה השנייה ועל פי נתוניה חושב תמלוג בסיסי של 8.76 סנט לטון לשנים 2005-2009, מוצמד למחיר סלע הפוספט. בהתאם לכך בשנת 2009 עמד התמלוג המוצמד לערך סלע פוספט, על 26.34 סנט לטון.
סכום התמלוגים ששולמו עבור השנים 2000-2009 עבור פוספטים עומד על כ- 16.5 מיליון דולר. מתוכם כ -11 מיליון דולר בעקבות שינוי שיטת החישוב במסגרת הליך הגישור.
בשנת 2009 נערך החישוב של תחנת הבדיקה השלישית, ונקבע תמלוג בסיס מעודכן, בסך של 48.665 סנט לטון. בשל ירידת ערך סלע הפוספט, יעמוד התמלוג שישולם בשנת 2010 על 44.3 סנט לטון. זאת במקום כ- 24 סנט שהיו משולמים לפי ערך בסיס התמלוג שחושב ב- 2004, כשהוא מוצמד לערך סלע הפוספט היום.
משרד התשתיות הלאומיות צופה כי בחמש השנים הקרובות, משנת 2010 ואילך, ובהתאם לערך התמלוג הבסיסי החדש שנקבע לאחרונה, ייגבו תמלוגים בהיקף של כ- 3 מיליון דולר לשנה.