הקרן לשיקום מחצבות הוקמה בשנת 1978 בעקבות חקיקה בנושא, על מנת לצמצם את הנזק הסביבתי מפעילות המחצבות ולהבטיח שיקום אתרי כרייה וחציבה עזובים. הקרן קבעה קריטריונים לעדיפות בשיקום, וביניהם בטיחות, קירבה לאוכלוסייה, אתרי טבע ונוף, רמת הפגיעה בסביבה וייעוד השטח. הקרן פועלת להכנת תוכנית שיקום ולהכשרת תשתית האתר לייעודו החדש, ומפקחת על פעולות השיקום.
תפקיד הקרן הוא להבטיח מקורות מימון לפעולות השיקום, באמצעות גבייה מבעלי מחצבות פעילות, אשר מחויבים בהעברת סכום כספי הנגזר מתפוקותיהם, והחזרתם לבעל המחצבה לצורך השיקום בתום העבודות.
בהתאם לחוק התכנון והבנייה, חייבת כל מחצבה חדשה להגיש תוכנית להסדרת השטח ולבצע שיקום במהלך העבודה בפיקוח משרד הפנים והוועדות המקומיות.
הקרן מטפלת גם במחצבות ישנות בהתאם לפנייה מהרשות המקומית ובכפוף לקיומה של תוכנית בנין עיר מאושרת, ונותנת חוות דעת מקצועית על המחצבות, מיקומן המועדף, ויכולת השיקום.
המפקח על המכרות חבר בהנהלת הקרן ומעלה תרומה משמעותית לפעילותה ולהחלטותיה כבעל הידע המקצועי הרחב והמעמיק ביותר בתחום. לתחילת ביצוע עבודות השיקום נדרשת הכרזה של המפקח על המכרות על המחצבה כעל מחצבה נטושה (כולל פרסום ברשומות).